Parece que las personas con esquizofrenia tienen anomalías estructurales (una o varias zonas de su cerebro es distinta de lo «normal») y funcionales (una o varias zonas de su cerebro tienen un tipo de actividad distinta de lo normal o no se comunican bien con otras regiones cerebrales). Estas anomalías hacen que las personas con esquizofrenia tengan dificultades más o menos graves en varios aspectos. Uno muy importante es la cognición social, que nos hace capaces entre otras cosas de interpretar lo que piensan las personas que nos rodean o lo que nosotros somos respecto a un grupo de personas. Se ha visto que en muchos casos de esquizofrenia la cognición social no funciona de una manera adecuada, dando lugar a mala interpretación de situaciones sociales y desencadenando en una tendencia al aislamiento social. Otras funciones que se ven afectadas en la esquizofrenia serían la empatía (muy relacionada con el conocimiento social), la tolerancia a la frustración, la inhibición e incluso algunas funciones motoras.
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